培养目标电子商务专业培养具有坚实的经济管理与现代商务的理论基础，熟悉信息系统管理及应用技术，掌握电子商务、网络营销、网络金融和现代物流等学科的基本原理与技术，能够从事现代商务管理，尤其是在企业电子商务发展过程中能够对电子商务系统的建设、运营及应用进行管理的现代高级专门人才。
培养要求本专业学生应具备以下几方面的知识和能力：（1）掌握电子商务领域内的基本理论；（2）掌握物流、商流、资金流、信息流动作过程及规范；（3）掌握电子商务所涉及的计算机软硬件的相关技术，数字安全证书、EDI、网络安全和系统维护与管理；（4）具有策划、开发、调测、应用电子商务系统的基本能力；（5）掌握网上购物、网络营销和网络金融的基本方法与相关技术；（6）了解电子商务技术的最新进展、学科前沿和发展趋势。
专业特色自2001年开始招生，是教育部首批设立电子商务专业的高校之一。
电子商务专业为南京审计学院特色专业建设点。
本专业涉及信息科学、管理学、经济学等学科，集现代商务管理和信息技术应用为一体。
各教学环节注重学生实践、应用以及创新能力培养。
授予学位管理学学士主干学科管理科学与工程主干课程网络经济学、数据库原理与应用、Web开发技术、网络营销、电子商务系统分析与设计、电子支付与网络安全、电子商务法、电子商务物流管理等。