计算机科学与技术方向该专业方向根据经济建设、社会发展和信息化时代的需要，依托南大国家重点学科“计算机软件与理论”专业，培养掌握计算机科学与技术的基本理论、基础知识和基本技能，熟悉计算机系统和计算机应用环境，具备开发计算机系统的综合能力，强化计算机软、硬件技术相互渗透、强化应用，能在计算机科学与技术领域从事计算机系统、计算机网络技术、软硬件开发、应用和服务的专门人才。
学科主干课程：工程数学（含离散数学、概率论与数理统计等）、计算机导论、程序设计基础与高级程序设计、计算机组成原理、数据通信与计算机网络、数据结构、操作系统、数据库概论、软件工程、嵌入式系统、数字逻辑与数字系统和网络应用开发技术等。
软件技术与工程方向（仅江苏）根据我国信息化建设和软件产业发展的需要，本专业方向旨在培养综合素质高，掌握软件工程的基本理论、方法、知识和实践经验，具有高级程序员、软件工程师和项目质量管理人员的基本能力，从事开发、应用和服务的计算机软件应用型软件工程人才。
学科主干课程：工程数学（含离散数学、概率论与数理统计等）、计算机导论、程序设计基础与高级程序设计、计算机组成原理、数据通信与计算机网络、数据结构、操作系统、数据库概论、软件工程、J2EE与中间件技术、软件质量保证与测试和软件系统分析与设计等。
信息管理与信息系统方向（仅江苏）“信息管理与信息系统”是一个文理交叉、与信息技术、计算机关系密切且发展较快、应用性很强的专业。
本专业方向依托南京大学信息管理系和计算机科学与技术系，培养具备较扎实的信息学、现代管理学理论基础、计算机科学技术知识及应用能力，系统掌握信息系统分析与设计方法以及信息管理等方面的知识与能力，能在国家各级管理部门、教育单位、工商企业、金融机构、科研单位、图书馆和信息服务机构等部门从事信息管理教学、信息管理、分析、开发利用以及信息系统分析、设计、实施、管理和评价等方面的高级专门人才。
学科主干课程：信息学概论、信息资源管理、信息组织与检索语言、网络信息资源检索、管理信息系统、计算机系统与系统软件、工程数学、计算机导论、数字逻辑与数字系统、程序设计语言、Internet实用技术、数据库系统及其应用、信息传播技术、计算机网络基础、数据结构、信息系统分析与设计、Web数据库开发、电子商务实务、竞争情报理论与实务、基于数据库的系统开发和计算机信息安全等。
网络技术与工程（仅江苏）本专业方向在培养掌握计算机网络工程及通信的基本原理、方法及技术，从事计算机网络工程的研究、设计、运行、维护和管理的高级工程技术人才。
学科主干课程：工程数学（含离散数学、概率论与数理统计等）、计算机导论、计算机组成原理、数据通信与计算机网络、数据结构、操作系统、数据库概论、通信原理、网络工程、信息与网络安全等。