土木工程专业该专业依托南京大学地球科学与工程学院，下设2个专业方向：土木与建筑工程方向：本方向以适应我国现代化工程建设需要，掌握必需的土木工程学科的基本理论知识和专业知识，获得土木工程基本训练的高级工程技术人才。
具有从事工程的规划、勘察、设计、施工、组织、管理、研究、教育等工作及科技开发能力。
毕业生主要去向为城市工程、交通工程、水利水电工程、岩土工程、隧道与桥梁工程、港口工程等建设、施工、咨询、投资、开发等相关企事业单位。
城市水务工程方向：本方向将依靠南京大学水文与水资源工程学科，以城市水源、城市防洪、城市水环境整治、城市给排水、城市节水及城市水利工程的勘测、规划、施工和管理等方面为培养目标，旨在培养掌握城市水务工程的规划、设计、施工、运营、教育和研究开发等方面工作的高级工程技术人才。
毕业生就业去向包括国家部委、省、市的专业设计研究院、水务局、规划局、市政工程局和各部委相关职能机构等管理部门；以及中外水务集团、环保公司、咨询公司、大型物业管理集团等相关企业。