国家品牌特色专业建设点、江苏省重点专业、教育部“卓越工程师教育培养计划”试点专业制药工程专业致力于培养德、智、体全面发展，适应国家制药工业及其相关领域经济建设需要，掌握制药工程专业知识、基本原理、基本技能和管理知识，具有高度的社会责任感和健全的人格，具有创新精神、经济观念、法制观念、环保意识、团队精神和管理能力，能从事制药及相关专业领域的科研、开发、设计、生产和管理等方面工作的高级工程技术人才。
制药工程专业承担的“以生物制药为特色的制药工程专业建设与研究”是学校承担的首个江苏省重中之重教改项目。
专业基础课《药理学》是江苏省精品课程。
该专业连续多年被国内相关评价机构评为制药类A类专业，位居全国同类专业前列。
制药工程专业近三年的本科生毕业率均为100%，学位率平均为96%，就业率达到98%。
考研深造率连续两年全校第一，分别达到42%和48%。
大学生创新创业活动成绩显著，先后在第十二届、第十三届“挑战杯”全国大学生课外学术科技作品竞赛中获2项一等奖和1项二等奖。
主干学科：化学、化学工程与技术、生物工程。
就业去向：本专业坚持以特色创优势，培养“既懂学术又懂技术”的人才，以适应我国高速发展的生物医药产业对各类高层次人才的需要。
学生就业供不应求，每年有40%以上的毕业生攻读国内外知名高校、科研院所研究生，其余主要在江苏、浙江、上海等地知名制药企业或研发机构就业。