生物工程专业师资力量雄厚，教学条件优越。
本专业现有教师28名，全部具有博士学位，其中正教授9名，副教授5名，其中博士生导师5名，中国科学院院士1名，校特聘教授1名，国外兼职教授2名，其中所有正教授均有国外留学经历。
本专业设有生物化学与分子生物学、生物化工两个硕士点。
培养目标本专业主要培养具有扎实生命科学基本知识和实验操作技能，并掌握现代生物技术及其产业化的科学原理、工艺过程和生物工程设计等基础理论、基本技能，能从事生物工程专业相关的科学研究、技术开发和生物工程生产管理等工作的高级复合型人才。
主要课程本专业的课程设置既体现专业特色，又充分考虑到学生毕业走向社会的现实需要，即：人文素养、科学研究素养、实践能力培养和创新精神培养的有机统一。
除本科公共课程之外，主要的基础课和专业课程有：生物化学、微生物学、遗传学、细胞生物学、分子生物学、生物工艺学、生物过程与设备、生物信息素养、基因工程、酶工程、生物分离工程等课程。
实践环节生物工程是一个实践性极强的专业，为了全面培养学生实践实验能力，本专业开设有公共基础课配套的实验外，还开设有：生物化学实验、微生物学实验、分子生物学实验、发酵工程实验、生物化学大型实验、微生物学大型实验、生物工程大型实验、生物工程工艺设计、认识实习、生产实习和毕业设计等。
专业特色生物工程专业是东华大学为适应经济发展需要而重点发展和建设的学科，该专业集生命科学、生物工程、纺织、材料等学科于一体，在蛋白质组、基因表达与调控、功能基因组、酶制剂、生物医用功能材料、纺织生物技术、海洋功能微生物等方向正在形成学科优势。
本专业现有针对本科生进行实验教学的实验室面积500余平方米，拥有涵盖生物工程上、中、下游的实验仪器设备价值900余万元。
就业去向和就业率学生通过四年系统全面的学习，毕业后可在生物工程、纺织、轻工、化工、食品、医药、农业等行业的高等院校、科研院所和企事业单位从事教学科研、技术开发、管理与营销，也可在环境保护、卫生防疫、商检等部门从事质检工作，也可选择继续深造。
目前毕业生主要就业地点在上海，就业单位是生物工程相关的科研院所和企事业单位，如:上海市环境监测中心、上海生物制品研究所、上海农业研究所以及位于浦东的大型制药公司和生物工程公司。
近三分之一的毕业生选择赴国外继续深造。