生物工程专业（食品酿造方向）培养目标：本专业培养适应经济和社会发展需要，具备食品发酵技术及其产业化的科学原理、工程设计和工艺过程等方面的知识和技能，能在食品酿造行业与生物技术领域从事生物环保、食品调味品、乳品发酵、酶制剂、酿酒、生物能源、生物材料以及生物制品的研究与生产、项目设计、生产信息化管理、节能减排、商品检验、产品营销与技术服务的应用型人才。
就业方向：学生毕业后可在食品发酵企业及生物工程企业从事生产技术管理、产品质量检测、工程菌种选育及新工艺、新技术、新产品的研究与开发和市场营销等工作；可在政府工商管理、技术监督、食品监督管理、进出口商检、海关等部门从事技术行政管理等工作；又可在生物法鉴中心、疾病控制中心、生物制品所等单位从事技术与检验等工作；还可在高等院校、职业技术学院、高级中学及科研院所从事生物工程、生物技术等方面的教学与科研工作。
主要课程：食品发酵与酿造工艺学、基因工程、食品工业发酵分析、微生物学、发酵食品工厂的机械设备与设计、细胞生物学、分子生物学、现代葡萄酒工艺学、生物制品学、现代啤酒工艺学、发酵工艺原理、现代白酒工艺学、酿造调味品工艺学等。
生物工程专业（生物制药方向）培养目标：本专业培养适应经济和社会发展需要、具备生物制药工程及其产业化的科学原理、工程设计和工艺过程等方面的知识和技能，能够运用微生物学、生物学、医学、生物化学等的研究成果制造用于预防、治疗和诊断的生物制品，能在生物制药或管理领域内从事生产、管理、质量安全控制、新产品开发、科学研究和工程设计等领域工作的应用型工程技术人才。
就业方向：学生毕业后可在生物制药企业（各类生物疫苗公司、生物制药公司、化学制药公司、生物保健品公司、生物制品公司、生物试剂公司等）从事生产技术管理、产品质量检测、工程菌种选育及新工艺、新技术、新产品的研究与开发和市场营销等工作；可在政府工商管理、技术监督、食品与药品监督管理、进出口商检、海关等部门从事技术行政管理等工作；又可在药检所、中心血站、生物法鉴中心、疾病控制中心、生物制品所等单位从事技术与检验等工作；还可在高等院校、职业技术学院及科研院所从事生物制药、生物工程和生物技术等方面的教学与科研工作。
主要课程：生物工程制药学、药理学、药事管理与法规、药物分析、有机化学、生物化学、微生物学、细胞生物学、分子生物学、化工原理、生化工程、微生物制药学、生物制品学、发酵工艺原理、制药设备与设计、生物制药工厂的机械设备与设计等。